Місто розташоване на берегах річок: Шпре (у зв'язку з чим його називають «Афінами на Шпре»), Хафель у центрі федеральної землі Бранденбург (частиною останньої Берлін не є з 1920 року).
Перетинаючи Берлін, Шпре впадає в Хафель в західній частині німецької столиці. Шпре судноплавна є частиною водного шляху Ельба — Одер. Через розливи річки, З метою захисту від повені в 1958-1965 роках була побудована дамба Шпремберг.
Берлін розташований на рівнині, що оточує русло річки Шпре, приблизно 180 км від Балтики. Ця річка протікає через усю столицю. На захід від центру міста, поблизу Шпандау, з нею з'єднується річка Хафель.
Головними річками країни є Рейн (найбільша річка Німеччини, з правими притоками Неккар, Майн і лівим – Мозель), Ельба (з притоками Залі і Мульде) і Везер (з притоками Аллер, Эмс). Усього на території країни протікає понад 700 рік.